RPA - 자동화(Automation)
R에서 쉘 시스템 호출(System Invoke)
1 시스템 호출(System Call)
R 프로그램도 유닉스/리눅스 운영체제 입장에서 보면 수많은 프로그램 중 하나로 이를 묶어서 다양한 방식으로 호출하여 사용할 수 있다. 파일을 많이 다루는 경우 최근에 개발된 fs 팩키지를 사용하면 도움이 많이 된다. R 마크다운 기반으로 작업을 수행하게 되는 경우 {bash} ... 코드 덩어리를 사용하면 된다. 전통적으로는 system
R 마크다운, Base 시스템 호출, fs 팩키지
1.1 Rmd 코드 덩어리
먼저 R 코드 덩어리에 아래와 같이 r 혹은 python 대신 bash로 지정하게 되면 쉘 명령어를 실행시킬 수 있다.
```{bash call-bash-from-rmd}
ls -al
```total 53864
drwxr-xr-x 79 statkclee staff 2528 Dec 20 18:24 .
drwxr-xr-x 97 statkclee staff 3104 Dec 11 21:32 ..
-rw-r--r--@ 1 statkclee staff 6148 Aug 23 20:23 .DS_Store
-rw-r--r-- 1 statkclee staff 984 Oct 11 12:11 .Rhistory
drwxr-xr-x 4 statkclee staff 128 Jul 4 09:41 .Rproj.user
drwxr-xr-x 3 statkclee staff 96 Oct 9 11:20 .drake
drwxr-xr-x 15 statkclee staff 480 Dec 20 16:29 .git
-rw-r--r-- 1 statkclee staff 724 Jul 3 17:41 .gitignore
-rw-r--r-- 1 statkclee staff 465 Jul 3 17:41 .mailmap1.2 system() 명령어
system() 명령어를 사용해서 쉘 명령어를 함께 넣게 되면 실행이 가능한데, intern=TRUE 인자를 함께 넣어주어야 결과를 확인할 수 있다.
[1] "total 53864"
[2] "drwxr-xr-x 79 statkclee staff 2528 Dec 20 18:24 ."
[3] "drwxr-xr-x 97 statkclee staff 3104 Dec 11 21:32 .."
[4] "-rw-r--r--@ 1 statkclee staff 6148 Aug 23 20:23 .DS_Store"
[5] "-rw-r--r-- 1 statkclee staff 984 Oct 11 12:11 .Rhistory"
[6] "drwxr-xr-x 4 statkclee staff 128 Jul 4 09:41 .Rproj.user"
[7] "drwxr-xr-x 3 statkclee staff 96 Oct 9 11:20 .drake"
[8] "drwxr-xr-x 15 statkclee staff 480 Dec 20 16:29 .git"
[9] "-rw-r--r-- 1 statkclee staff 724 Jul 3 17:41 .gitignore"
[10] "-rw-r--r-- 1 statkclee staff 465 Jul 3 17:41 .mailmap" 1.3 fs 팩키지
fs 팩키지 dir_ls() 명령어를 사용하게 되면 R 명령어로 별도 다른 작업없이 쉘 명령어와 동일한 효과를 얻을 수 있다. 아래 표에 나와 있듯이 유닉스 쉘 명령어와 매칭되는 fs 팩키지 명령어를 찾아야 한다.
cli-csv-analysis.Rmd cli-data-science-workflow.Rmd
cli-ingest-data.Rmd cli-ml-deployment.Rmd
cmd-data-science-hello-world.Rmd r-make-software.Rmd
r-makefile.Rmd r-parallel-local-export.Rmd
r-parallel-rscript-args.Rmd r-parallel-rscript-exec.Rmd
r-parallel-rscript-optparse.Rmd r-parallel-rscript-unix.Rmd
r-shell-invoke.Rmd r-stat545-make.Rmd
rpa-data-munging.Rmd rpa-function.Rmd
rpa-ingest.Rmd rpa-random-sampling.Rmd
rpa-setup.Rmd 2 fs, R 함수, 쉘 비교 1
fs 팩키지, R 함수(base), 쉘(shell) 명령어에 대한 사항이 fs 팩키지 소품문에 잘 나와 있다.
2.1 디렉토리 함수
fs |
R 함수(base) | 쉘(shell) |
|---|---|---|
dir_ls("path") |
list.files("path") |
ls path |
dir_info("path") |
do.call(rbind, lapply(list.files("path"), file.info)) |
ls -al path |
dir_copy("path", "new-path") |
dir.create("new-path"); file.copy("path", "new-path", recursive=TRUE) |
cp path new-path |
dir_create("path") |
dir.create("path") |
mkdir path |
dir_delete("path") |
unlink("path", recursive = TRUE) |
rm -rf path |
dir_exists("path") |
dir.exists("path") |
if [ -d "path" ]; then ... ; fi |
dir_move()file_move) |
file.rename("path", "new-path") |
mv path new-path |
dir_map("path", fun) |
No direct equivalent | for file in $(ls path); do ...; done |
dir_tree("path") |
No direct equivalent | tree path |
2.2 파일 함수
fs |
R 함수(base) | 쉘(shell) |
|---|---|---|
file_chmod("path", "mode") |
Sys.chmod("path", "mode") |
chmod mode path |
file_chown("path", "user_id", "group_id") |
No direct equivalent | chown options path |
file_copy("path", "new-path") |
file.copy("path", "new-path") |
cp path new-path |
file_create("new-path") |
file.create("new-path") |
touch new-path |
file_delete("path") |
unlink("path") |
rm path |
file_exists("path") |
file.exists("path") |
if [ -f "path" ]; then ... ; fi |
file_info("path") |
file.info("path") |
ls -al path |
file_move("path", "new-path") |
file.rename("path", "new-path") |
mv path new-path |
file_show("path") |
browseURL("path") |
open path |
file_touch() |
No direct equivalent | touch path |
file_temp() |
tempfile() |
mktemp |
file_test() |
No direct equivalent | if [ -d "path" ]; then ...; fi |
2.3 경로(path) 함수
fs |
R 함수(base) | 쉘(shell) |
|---|---|---|
path("top_dir", "nested_dir", "file", ext = "ext") |
file.path("top_dir", "nested_dir", "file.ext") |
top_dir/nested_dir/file.ext |
path_expand("~/path") |
path.expand() |
realpath -m -s ~/path |
path_dir("path") |
dirname("path") |
dirname path |
path_file("path") |
basename("path") |
basename path |
path_home() |
path.expand("~") |
$HOME |
path_package("pkgname", "dir", "file") |
system.file("dir", "file", package = "pkgname") |
No direct equivalent |
path_norm("path") |
normalizePath() |
realpath |
path_real("path") |
normalizePath(mustWork = TRUE) |
realpath |
path_rel("path/foo", "path/bar") |
No direct equivalent | No direct equivalent |
path_common(c("path/foo", "path/bar", "path/baz")) |
No direct equivalent | No direct equivalent |
path_ext_remove("path") |
sub("\\.[a-zA-Z0-9]*$", "", "path") |
No direct equivalent |
path_ext_set("path", "new_ext") |
sub("\\.[a-zA-Z0-9]*$", "new_ext", "path") |
No direct equivalent |
path_sanitize("path") |
No direct equivalent | No direct equivalent |
3 작업 시나리오
웹브라우저를 띄워서 특정 화면을 캡쳐하고자 할 경우 웹브라우저를 다음과 같이 연다.
# open -a "Google Chrome" https://www.facebook.com/groups/tidyverse
open -a "safari" https://www.facebook.com/groups/tidyverse화면을 캡쳐하고자 할 경우 아래와 같이 화면을 webshot 팩키지를 사용해서 이미지로 저장시킨다.
library(webshot)
webshot("https://www.facebook.com/groups/tidyverse", "fig/tidyverse_korea.png",
cliprect = c(0, 0, 800, 600))
데이터 과학자 이광춘 저작
kwangchun.lee.7@gmail.com