실무에서 많이 사용되는 R 마크다운 구문이 잘 정리된 블로그가 있어 현대적인 과학논문 저작의 내용에 더하여 R을 주로 사용하는 사용자에게 유용할 것으로 사료되어 블로그의 내용을 중심으로 내용을 정리하였고 몇가지 유용한 사례도 추가하였다. 특히, Pimp my RMD: a few tips for R Markdown by Yan Holtz - 11 April 2018 내용이 많이 포함되어 있다. PIMP는 “Put In My Pocket”으로 추청된다. 또한, Pimp my RMD: a few tips for R Markdown by Yan Holtz - 10 December 2019 거의 1년만에 업데이트 되면서 추가로 추가된 사항도 많이 있다.

Rmd, CSS, header/footer HTML 구조

1 문서 형식 (Text formating) ¹

R 마크다운을 사용해서 쉽게 아무것도 없는 텍스트를 강조, 이태릭은 물론이고 링크도 추가할 수 있는데 자세한 내용은 영문 컨닝쪽지(RStudio cheatsheet)에서 확인 가능하고 한글은 R 마크다운 컨닝쪽지에서 확인 가능하다.

R 마크다운을 사용해서 쉽게 아무것도 없는 텍스트를 **강조**, *이태릭*은 물론이고 [링크](www.r-graph-gallery.com)도 추가할 수 있는데 자세한 내용은 [영문 컨닝쪽지(RStudio  cheatsheet)](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/rmarkdown-cheatsheet.pdf)에서 확인 가능하고 한글은 [R 마크다운 컨닝쪽지](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/korean/rmarkdown-cheatsheet-kr.pdf)에서 확인 가능하다.

2 수평선

문서에 수평선을 넣어 문장이나 문단을 구분할 때 유용하게 사용될 수 있는데 이런 경우 별 3개로 간단히 처리가 된다.

***

3 제목 자동번호 넣기

큰제목, 중간제목, 작은제목, … 표현하는데 #, ##, ###을 사용하는데 각각에 대해서 번호를 넣고자 하는 경우 YAML 헤더에 number_sections: TRUE를 넣어 사용하면 된다.

---
layout: page
title: 데이터 과학을 위한 저작도구
subtitle: R 마크다운 실무
output:
  html_document:
    theme: default
    toc: yes
    toc_float: true
    highlight: tango
    code_folding: show
    number_sections: TRUE
mainfont: NanumGothic
---

# 문서 형식(format) {#rmd}
## 수평선 {#horizontal-line}
## 제목 자동번호 넣기 {#auto-numbering}

4 줄간격 넓히기

줄간격을 넓혀 띄어쓰기를 하고자 할 경우 <br>을 넣어 준다.

헌법개정안 대통령 발의 
<br><br><br>
국회에서 응답

헌법개정안 대통령 발의

국회에서 응답

5 이미지 가운데 정렬

이미지를 가운데 정렬시키는데 다음 코드를 사용한다. {#id .class width="50%"}을 통해 이미지 크기도 조정할 수 있다.

<center>
![이미지 설명을 단다.](fig/00_cover_boy_girl.png){#id .class width="50%"}
</center>

결과는 다음과 같다.

6 이미지 주변 공백

이미지 주변 공백이 문제된다면 Anna Quaglieri님이 제안해 주신 fig.asp 인자값을 조정하여 해결한다. 예를 들어, fig.asp=0.50 값을 사용한다.

fig.width=3,
fig.height=3
fig.align=‘center’
cache=TRUE
fig.cap=“Lovely Kangaroo from the Mornington Peninsula.”
fig.asp=0.50

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("fig/kan.png")
grid.raster(img)

Lovely Kangaroo from the Mornington Peninsula.

7 Footer and header

HTML 문서의 header.html, footer.html HTML 파일에 관련된 내용을 저장시키고 나서 .Rmd 파일에 이를 반영시킨다. 필요한 경우, fontawesome.com 웹사이트에서 적절한 아이콘을 선택한다.

&nbsp;
<hr />
<p style="text-align: center;"> 데이터 과학자 <a href="https://github.com/statkclee/">이광춘</a> 저작</p>
<p style="text-align: center;"><span style="color: #808080;"><em>kwangchun.lee.7@gmail.com</em></span></p>
<!-- Add icon library -->
<link rel="stylesheet" href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/font-awesome/4.7.0/css/font-awesome.min.css">
<!-- Add font awesome icons -->
<p style="text-align: center;">
  <a href="https://education.rstudio.com/trainers/people/lee+kwangchun/" class="fa fa-registered"></a>
    <a href="https://www.facebook.com/groups/tidyverse/" class="fa fa-facebook"></a>
    <a href="https://www.linkedin.com/in/kwangchunlee/" class="fa fa-linkedin"></a>
    <a href="https://github.com/statkclee/" class="fa fa-github"></a>
</p>
&nbsp;

footer.html 파일에 상기 내용을 저장시키고 나서, .Rmd 파일 YAML 영역에 다음과 같이 포함시키도록 지정한다.

layout: page
title: "데이터 과학을 위한 저작도구"
subtitle: "**R 마크다운 실무**"
output:
  html_document:
    includes:
      after_body: footer.html
    theme: default
    toc: yes
    toc_float: true
    highlight: tango
    code_folding: show
    number_sections: TRUE
mainfont: NanumGothic

footer.html 파일을 반영한 후 모습은 다음과 같다.

8 이미지 캡션(caption)

다음과 같이 fig.cap 인자를 지정하여 이미지에 짧은 해설문(caption)을 단다. 즉, 그래프 캡션(caption)을 넣는 방식은 다음과 같이 R 코드 덩어리(chunk)에 fig.cap에 명세를 한다.

{r, fig.align="center", fig.width=6, fig.height=6, fig.cap="그림 1: 정말 짧은 해설문 을 caption이라고 영어로 번역한다."}

mpg %>%
  ggplot( aes(x=reorder(class, hwy), y=hwy, fill=class)) + 
    geom_boxplot() +
    xlab("class") +
    theme(legend.position="none")

그림 1: 정말 짧은 해설문 을 caption이라고 영어로 번역한다.

9 고급 이미지 캡션(caption)

사용자 정의 캡션을 다음과 같이 style.css 파일에 적어 활용할 수 있다. 즉 style.css 파일에 p.caption 내부에 이미지에 대한 짧은 설명문 캡션을 원하는 형태로 기록해둔다.

<style>
p.caption {
  font-size: 0.9em;
  font-style: italic;
  color: grey;
  margin-right: 10%;
  margin-left: 10%;  
  text-align: justify;
}
</style>

그림 1: 정말 짧은 해설문 을 caption이라고 영어로 번역한다.

10 $LaTeX$ 수식

수학공식 등 수식을 넣을 경우 $ 사이에 $LaTeX$ 수식을 넣어 작성한다.

\[A = (\pi * \lambda \times r^{4}) / \alpha \]

$A = (\pi * \lambda \times r^{4}) / \alpha $

11 R 코드 덩어리: verbatim ²

R 코드 덩어리(R Code chunk)를 문자 그대로 .Rmd 파일에 담을 필요가 있다. 다양한 방법이 있는데, <pre><code> R 코드 덩어리 </code></pre>으로 감싸는 것이다.

"{r whatever}
boxplot(1:10)
plot(rnorm(10))
" -> verbatim_string

cat("<pre><code>```", verbatim_string, "```</code></pre>", sep = "")

<pre><code>```{r whatever}
boxplot(1:10)
plot(rnorm(10))
```</code></pre>

12 2칼럼 그래프 나란히

R 코드 덩어리(R Code chunk)에 out.width=c('50%', '50%'), fig.show='hold', fig.align='default'을 추가하면 생성되는 그래프를 나란히 놓을 수 있다.

```{r out.width=c('30%', '70%'), fig.show='hold', fig.align='default'}
boxplot(1:10)
plot(rnorm(10))```

12.1 그래프를 나란히

그래프를 나란히 놓고자 할 경우 다음과 같이 코드를 작성한다.

${r two-figure, out.width=c('50%', '50%'), fig.show='hold'}$

boxplot(1:10)

plot(rnorm(10))

또다른 방식은 gridExtra 등 팩키지를 사용하여 그래프를 작성할 때 먼저 그래프를

library(gridExtra)
library(tidyverse)

smpl_df <- rnorm(100) %>% as_tibble()

box_g <- ggplot(smpl_df, aes(x="", y=value)) +
    geom_boxplot()

hist_g <- ggplot(smpl_df, aes(x=value)) +
    geom_histogram()


grid.arrange(box_g, hist_g, ncol=2)

13 다단 편집

R 마크다운은 bootstrap framework를 사용하기 때문에 화면을 횡으로 12칸으로 구분하기 때문에 이를 적절히 나눠서 $6 \times 2$, $4 \times 3$, $3 times 4$와 같이 나눠 다단 편집하여 사용할 수 있다.

<div class = "row">
  
  <div class = "col-md-4">
  <br><br> **R 마크다운**이 bootstrap framework를 사용한다는 놀라운 사실
  </div>
  
  <div class = "col-md-4">
  <br><br> **bootstrap framework**
  
  - Bootstrap Theme: https://startbootstrap.com/themes/
  - Jekyll Themes: http://jekyllthemes.org/
  </div>
  
  <div class = "col-md-4">
  
  ``{r, message=FALSE, echo=TRUE, eval=FALSE}
  ggplot( mtcars, aes(x=mpg)) + 
    geom_histogram(fill="skyblue", alpha=0.5) + 
    theme_minimal()
  ``
  </div>
</div>

R 마크다운이 bootstrap framework를 사용한다는 놀라운 사실

bootstrap framework

Bootstrap Theme: https://startbootstrap.com/themes/
Jekyll Themes: http://jekyllthemes.org/

13.1 R 코드 나란히

<div> 태글 사용하여 col-md-6 값을 조정해서 이등할 수도 있고, col-md-4를 3회 사용하여 3등분하는 것도 가능하다.

입력사례

열심히… 입력합니다.

복사하여 붙여넣기

컨트롤+C , 컨트롤+V

<div class = "row">
  <div class = "col-md-6">
**입력사례**

열심히... 입력합니다. 

  </div>
  <div class = "col-md-6">
**복사하여 붙여넣기**

컨트롤+C , 컨트롤+V

  </div>
</div>

14 R Meetup

tabset을 적용하여 각 하위 장이나 절마다 탭을 생성하는데 먼저 style.css에 다음 내용을 반영시킨다.

.btn {
    border-width: 0 0px 0px 0px;
    font-weight: normal;
    text-transform: ;
}
.btn-default {
    color: #2ecc71;
    background-color: #ffffff;
    border-color: #ffffff;
}

본격적으로 R 코드 청크를 작성한다.

# R Meetup {.tabset .tabset-fade .tabset-pills}

Welcome to the R 커뮤니티!!!

## 첫번째 R Meetup
R Meetup의 성공을 기원합니다.

## 두번째 R Meetup
많은 분들이 모였습니다.

## 세번째 R Meetup
우와 ~~~

14.1 1번째 Meetup

Welcome to the R 커뮤니티!!!

14.2 2번째 Meetup

많은 분들이 모였습니다.

14.3 3번째 Meetup

R Meetup의 성공을 기원합니다.

15 `DT` 인터랙티브 표

DT 팩키지를 사용해서 인터랙티브 표를 생성할 수 있다. 다음과 같은 설정을 하게 되면 좀더 수월하게 원하는 깔끔한 인터랙티브 표를 생성시킬 수 있다.

10줄 대신 5~7줄만 표로 출력
깔끔한 인터랙티브 표 외양 갖추기
검색기능
각 칼럼별로 필터 추가
등등…

mtcars %>% 
  DT::datatable(rownames = FALSE, filter="top", options = list(pageLength = 5, scrollX=T) )

16 특정 문단 강조

특정 문단을 강조하고자 할 경우 다음과 같이 <style> ... </style>을 정의하고 <div class = "blue"> ... </div>로 뽑아내서 사용한다.

<style>
div.blue { background-color:#e6f0ff; border-radius: 5px; padding: 10px;}
</style>
<div class = "blue">

- R Meetup 10회
- 발표해주시고 참여해주신 분들 감사드립니다.

</div>

R Meetup 10회
발표해주시고 참여해주신 분들 감사드립니다.

17 `YAML` 헤더

17.1 기본기능 ³

R 코드 보이기 숨기기
- code_folding: show
- code_folding: hide
목차 추가
- toc: yes
코드 색상 강조
- highlight: tango
단원별 숫자 자동 부여
- number_sections: TRUE

---
layout: page
title: "데이터 과학을 위한 저작도구"
subtitle: "**R 마크다운 실무**"
output:
  html_document:
    css: style.css
    includes:
      in_header: header.html
      after_body: footer.html
    theme: default
    toc: yes
    toc_float: true
    highlight: tango
    code_folding: show
    number_sections: TRUE
mainfont: NanumGothic
---

17.2 PDF 파일

tinytex를 설치한 후에 output:에서 latex_engine: xelatex로 지정하고, pandoc_args를 지정하여 PDF 파일을 하나로 만든다. 마지막으로 잊지 말아야 할 것이 mainfont : NanumGothic로 한글 폰트를 잊지말고 꼭 지정한다.

PDF 엔진 설치부터 한글 PDF 문서 출력을 위한 자세한 사항은 $LaTeX$ PDF 문서를 참조한다.

---
layout: page
title: "Computational Document"
subtitle: "$\LaTeX$ `PDF` 문서"
author:
    name: 이광춘 (KPMG)
    affilates: 데이터 과학자
date: "`r Sys.Date()`"
always_allow_html: yes
output:
    pdf_document :
      latex_engine : xelatex
      pandoc_args:
          - --standalone
mainfont : NanumGothic
---

18 Github 리본

GitHub 리본 웹사이트에 적절한 GitHub 리본을 찾아 이를 header.html 파일에 저장시킨다. 그리고 나서 YAML 헤더에 in_header: header.html와 같이 지정하면 본 문서에 대한 HTML 원본 저작파일을 재현가능하게 GitHub 저장소에 연결시킬 수 있다.

데이터 과학자 이광춘 저작

kwangchun.lee.7@gmail.com

데이터 과학을 위한 저작도구

R 마크다운 실무

1 문서 형식 (Text formating) 1