기본 구조에 더해서 함수를 더 추가하게 된다. 이를 위해서 R/, man/ 디렉토리가 추가된다. R/ 디렉토리에 재사용되는 자주 호출되는 함수가 포함되어 있다면, man/ 디렉토리에는 함수에 대한 기술이 포함된다.
NAMESPACE와 LICENSE도 팩키지를 구성하는 주요한 요소로 포함된다.
project
|- DESCRIPTION # project metadata and dependencies
|- README.md # top-level description of content and guide to users
|- NAMESPACE # exports R functions in the package for repeated use
|- LICENSE # specify the conditions of use and reuse of the code, data & text
|
|- data/ # raw data, not changed once created
| +- my_data.csv # data files in open formats such as TXT, CSV, TSV, etc.
|
|- analysis/ # any programmatic code
| +- my_report.Rmd # R markdown file with R code and narrative text interwoven
|
|- R/ #
| +- my_functions.R # custom R functions that are used more than once in the project
|
|- man/
| +- my_functions.Rd # documentation for the R functions (auto-generated when using devtools)ORD LakeTrophicModelling은 전형적인 단순한 R 분석 작업흐름을 넘어 함수를 활용한 팩키지 구현 사례를 보여주고 있다.
R/ 디렉토리와 man/ 디렉토리는 짝을 지어 자동으로 생성되고, 문서는 vignettes/ 디렉토리에 작성해서 넣어 둔다. inst/ 디렉토리는 외부 데이터와 문서 등을 넣어둔다.
project
|- DESCRIPTION
|- NAMESPACE
|- README.md
|- LakeTrophicModelling.Rproj
|
|- R/
| +- LakeTrophicModelling-package.r
| +- class_prob_rf.R
| +- condAccuracy.R
| +- crossval_rf.R
| +- density_plot.R
| +- ecdf_ks_ci.R
| +- ecor_map.R
| +- getCyanoAbund.R
| +- getLakeIDs.R
| +- importancePlot.R
|
|- man/
| +- class_prob_rf.Rd
| +- condAccuracy.Rd
| +- crossval_rf.Rd
| +- density_plot.Rd
| +- ecdf_ks_ci.Rd
| +- ecor_map.Rd
| +- getCyanoAbund.Rd
| +- getLakeIDs.Rd
| +- importancePlot.Rd
|
|- data/
| +- LakeTrophicModelling.rda
|
|- vignettes/
|
|- inst/
| +- doc/
| +- manuscript.pdf
| +- extdata/
| +- ltmData.csv
| +- data_def.csv