데이터 과학을 위한 저작도구: Computational Documents
논문 저자: rorcid
이광춘
2020-12-04
1 ORCID12
ORCID(영어: Open Researcher and Contributor ID)는 과학자와 다른 학문 저작자를 인식하기 위한 비영리 숫자 코드로 디지털 객체 식별자(DOI, Digital Object Identifier)와 비슷한 역할을 한다.
1.1 ORCID API
rorcid 팩키지를 설치하게 되면 orcid_auth() 명령어를 통해서 API KEY를 획득하게 된다. [1] "Bearer XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX" 에서 XXXXXXXXXXXXX에 해당되는 문자를 복사하여 usethis::edit_r_environ() 명령어로 .Renviron 파일에 API KEY를 ORCID_TOKEN="4dsw1e14-7212-4129-9f07-aaf7b88ba88f"와 같이 저장시켜둔다.
library(tidyverse)
library(rorcid)
orcid_auth(reauth = TRUE)[1] "Bearer c47b70c8-b8ad-413e-9df3-b5486a9ebe12"# orcid_auth()
#
# no ORCID token found; attempting OAuth authentication
#
# Adding .httr-oauth to .gitignore
# Waiting for authentication in browser...
# Press Esc/Ctrl + C to abort
# Authentication complete.
#
# [1] "Bearer XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX"
# usethis::edit_r_environ()
# ORCID_TOKEN="4dsw1e14-7212-4129-9f07-aaf7b88ba88f"1.2 헬로 월드
Mohsen Attaran를 특정하여 과학자 정보를 특정해보자. orcid_search() 함수에 성과 이름을 통해서 orcid를 특정할 수 있다. 특별한 정보를 찾을 수 없다.
mohsen_attaran <- rorcid::orcid_search(given_name = "Mohsen", family_name = "Attaran")
mohsen_attaran# A tibble: 1 x 3
first last orcid
<chr> <chr> <chr>
1 Mohsen Attaran 0000-0002-0358-4107Smart offices 관련 논문[1]을 Newcastle University Business School의 Savvas Papagiannidis 교수가 저술했기에 이에 대한 내용을 찾아보자.
papagiannidis <- rorcid::orcid_search(given_name = "Savvas", family_name = "Papagiannidis")
papagiannidis# A tibble: 1 x 3
first last orcid
<chr> <chr> <chr>
1 Savvas Papagiannidis 0000-0003-0799-491XSavvas Papagiannidis, ORCID iD를 웹브라우져를 통해 확인이 가능하다.
# webshot2::webshot(url = "https://orcid.org/0000-0003-0799-491X", file = "fig/papagiannidis.png")
knitr::include_graphics("fig/papagiannidis.png")
2 과학연구자 프로필
rorcid::browse(papagiannidis$orcid) 명령어를 통해 관련 내용을 좀더 깊이 들어갈 수 있다. 특별한 정보가 하들리 위컴(Hadley Wickham)으로 바꿔 한걸음 더 들어가보자.
hadley <- orcid_search(given_name = "hadley", family_name = "wickham")
# first last orcid
# <chr> <chr> <chr>
# 1 Hadley Wickham 0000-0003-4757-117X
hadley_list <- rorcid::orcid_person(hadley$orcid)
listviewer::jsonedit(hadley_list)상기 정보를 통해 개인 프로필을 작성할 수 있다. 꼭 필요하다고 생각되는 값만 추출하여 데이터프레임으로 작성한다. purrr::pluck 함수를 사용해서 꼭 필요한 Attribute 만 추출하여 데이터프레임으로 제작한다.
hadley_df <- hadley_list %>% {
dplyr::tibble(
created_date = purrr::map_dbl(., purrr::pluck, "name", "created-date", "value", .default=NA_character_),
given_name = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "name", "given-names", "value", .default=NA_character_),
family_name = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "name", "family-name", "value", .default=NA_character_),
orcid_identifier_path = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "name", "path", .default = NA_character_),
biography = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "biography", "content", .default=NA_character_),
emails = purrr::map(., purrr::pluck, "emails", "email", "email", .default=NA_character_),
keywords = purrr::map(., purrr::pluck, "keywords", "keyword", "content", .default=NA_character_),
researcher_urls = purrr::map(., purrr::pluck, "researcher-urls", "researcher-url", "url.value", .default=NA_character_)
)
} %>%
mutate(created_date = as.POSIXct(created_date /1e3, tz = "UTC", origin="1970-01-01 00:00:00" ))
hadley_df %>%
unnest(researcher_urls)# A tibble: 2 x 8
created_date given_name family_name orcid_identifie~ biography emails
<dttm> <chr> <chr> <chr> <chr> <name>
1 2016-10-04 20:02:31 Hadley Wickham 0000-0003-4757-~ <NA> <chr ~
2 2016-10-04 20:02:31 Hadley Wickham 0000-0003-4757-~ <NA> <chr ~
# ... with 2 more variables: keywords <named list>, researcher_urls <chr>rorcid::works() 함수를 사용해서 과학연구자 해들리 위컴이 저술한 논문에 대해 추출하여 정리한다.
hadley_works <- rorcid::works(hadley$orcid)
hadley_works_df <- hadley_works %>%
as.data.frame() %>%
janitor::clean_names() %>%
select(put_code, type, date = publication_date_year_value, journal = journal_title_value,
title = title_title_value, doi = url_value) %>%
mutate(doi = str_remove(doi, "https://doi.org/")) %>%
as_tibble() %>%
arrange(desc(date))
hadley_works_df# A tibble: 46 x 6
put_code type date journal title doi
<int> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
1 64917288 journal~ 2019 Journal of Open Sou~ Welcome to the Tidyver~ 10.2110~
2 38589245 other 2015 <NA> R Packages <NA>
3 38589244 journal~ 2013 Journal of Computat~ Graphical criticism: s~ <NA>
4 38589229 journal~ 2013 Journal of Computat~ The Generalized Pairs ~ <NA>
5 38589241 journal~ 2012 Journal of Computat~ ASA 2009 data expo <NA>
6 38589201 journal~ 2012 R package version rggobi: Interface betw~ <NA>
7 38589242 journal~ 2012 Journal of Statisti~ tourrGui: A gWidgets G~ <NA>
8 38589215 journal~ 2011 Journal of Statisti~ Dates and Times Made E~ <NA>
9 38589219 journal~ 2011 Computational Stati~ Mutable objects in R <NA>
10 38589216 journal~ 2011 IEEE Transactions o~ Product plots <NA>
# ... with 36 more rows3 tidyverse 관련 논문
해드리 위컴이 tidyverse 생태계 구축에 지대한 영향을 미쳤기 때문에 관련 논문을 찾아 공저자를 찾아보자. “Welcome to the Tidyverse”[2] 논문을 시작점으로 시작해보자. 먼저, DOI가 “10.21105/joss.01686”이라 함께 작업한 공저자를 찾아낸다.
orcid(query = 'digital-object-ids:"10.21105/joss.01686"') # A tibble: 7 x 3
`orcid-identifier.uri` `orcid-identifier.pat~ `orcid-identifier.ho~
* <chr> <chr> <chr>
1 https://orcid.org/0000-0003-4757~ 0000-0003-4757-117X orcid.org
2 https://orcid.org/0000-0002-7765~ 0000-0002-7765-6011 orcid.org
3 https://orcid.org/0000-0002-2444~ 0000-0002-2444-4226 orcid.org
4 https://orcid.org/0000-0002-4985~ 0000-0002-4985-5160 orcid.org
5 https://orcid.org/0000-0001-9659~ 0000-0001-9659-6192 orcid.org
6 https://orcid.org/0000-0001-7297~ 0000-0001-7297-9359 orcid.org
7 https://orcid.org/0000-0002-6983~ 0000-0002-6983-2759 orcid.org 다른 방식은 논문 제목을 “Welcome to the Tidyverse” 동일하게 query =에 넣어 확인한다.
tidyverse_orcid <- orcid(query = 'work-titles:"Welcome to the Tidyverse"')
tidyverse_orcid# A tibble: 7 x 3
`orcid-identifier.uri` `orcid-identifier.pat~ `orcid-identifier.ho~
* <chr> <chr> <chr>
1 https://orcid.org/0000-0002-7765~ 0000-0002-7765-6011 orcid.org
2 https://orcid.org/0000-0002-2444~ 0000-0002-2444-4226 orcid.org
3 https://orcid.org/0000-0002-4985~ 0000-0002-4985-5160 orcid.org
4 https://orcid.org/0000-0001-9659~ 0000-0001-9659-6192 orcid.org
5 https://orcid.org/0000-0001-7297~ 0000-0001-7297-9359 orcid.org
6 https://orcid.org/0000-0003-4757~ 0000-0003-4757-117X orcid.org
7 https://orcid.org/0000-0002-6983~ 0000-0002-6983-2759 orcid.org 4 tidyverse 공동저자
tidyverse 논문 저작에 참여한 공저자를 함께 찾아보자. “Welcome to the Tidyverse” 논문저작에 참여한 공저자의 ORCID를 추출하여 앞서 해들리 위컴과 마찬가지로 정보를 추출한다.
tidyverse_team <- rorcid::orcid_person(tidyverse_orcid$`orcid-identifier.path`)
listviewer::jsonedit(tidyverse_team)추출한 데이터가 JSON에 기반한 리스트 형식 데이터라 이를 데이터프레임으로 변환시킨다.
tidyverse_member_info <- tidyverse_team %>% {
dplyr::tibble(
created_date = purrr::map_dbl(., purrr::pluck, "name", "created-date", "value", .default=NA_character_),
given_name = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "name", "given-names", "value", .default=NA_character_),
family_name = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "name", "family-name", "value", .default=NA_character_),
orcid_identifier_path = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "name", "path", .default = NA_character_),
biography = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "biography", "content", .default=NA_character_),
researcher_urls = purrr::map(., purrr::pluck, "researcher-urls", "researcher-url", .default=NA_character_),
emails = purrr::map_chr(., purrr::pluck, "emails", "email", "email", .default=NA_character_),
keywords = purrr::map(., purrr::pluck, "keywords", "keyword", "content", .default=NA_character_),
external_ids = purrr::map(., purrr::pluck, "external-identifiers", "external-identifier", .default=NA_character_)
)
} %>%
dplyr::mutate(created_date = anytime::anydate(created_date/1000)) %>%
arrange(created_date)
tidyverse_member_info# A tibble: 7 x 9
created_date given_name family_name orcid_identifie~ biography researcher_urls
<date> <chr> <chr> <chr> <chr> <named list>
1 2016-04-16 Lucy D'Agostino~ 0000-0001-7297-~ <NA> <df[,16] [1 x ~
2 2016-04-16 Jennifer Bryan 0000-0002-6983-~ <NA> <chr [1]>
3 2016-10-05 Hadley Wickham 0000-0003-4757-~ <NA> <df[,16] [2 x ~
4 2018-02-27 Romain Francois 0000-0002-2444-~ I make o~ <df[,16] [1 x ~
5 2018-05-22 Garrett Grolemund 0000-0002-7765-~ <NA> <chr [1]>
6 2018-05-25 Mara Averick 0000-0001-9659-~ <NA> <chr [1]>
7 2018-08-23 Alex Hayes 0000-0002-4985-~ <NA> <chr [1]>
# ... with 3 more variables: emails <chr>, keywords <named list>,
# external_ids <named list>1. Papagiannidis S, Marikyan D. Smart offices: A productivity and well-being perspective. International Journal of Information Management. 2020;51:102027.
2. Wickham H, Averick M, Bryan J, Chang W, McGowan LD, François R, et al. Welcome to the tidyverse. Journal of Open Source Software. 2019;4:1686. doi:10.21105/joss.01686.
데이터 과학자 이광춘 저작
kwangchun.lee.7@gmail.com