1 R 마크다운 → 보고서

R마크다운으로 보고서를 저작하는 기본적인 흐름은 다음과 같다. RStudio IDE와 같은 통합개발환경을 사용하여 .Rmd 파일 즉 R script + markdown를 담아 pandoc, \(LaTeX\) 엔진의 도움을 받아 BibTeX, CSL 등을 활용하여 보고서와 같은 저작물을 작성해 나간다.

2 보고서 제작 환경

마크다운으로 data_science.Rmd 파일을 작성한다. 그리고 나서 참고문헌을 BibTeX 데이터베이스 data_science.bib 파일과 CSL 스타일 파일 acm-siggraph.csl을 지정하여 다음과 같은 파일 구조를 만들어 둔다. 이미지는 fig 디렉토리 아래 모아둔다. R 마크다운 YAML 헤더에 output: html_document을 지정하면 이를 pandoc 프로그램을 실행시켜 html 파일을 생성시킨다.

# .\
# │  data_science.bib
# │  acm-siggraph.csl
# │  data_science.Rmd
# │  data_science.pdf
# │  data_science.html
# │  data_science.docx
# │
# └─fig
#         gui-vs-cli.jpg

특히 PDF 파일을 생성시킬 때는 CJK 문화권의 2바이트 문자를 처리할 때 한글이 깨지는 경우가 있어 이에 대한 방비책으로 두가지를 수행해야 한다. 첫번째로 \(LaTeX\)엔진을 xelatex으로 설정해야 한다. 그러면 PDF 파일을 만들 수 있다. 두번째로 PDF에 포함된 깨진 한글을 복구해야 하는데 이때 적절한 한글 폰트를 mainfont에 지정해주면 된다. 물론 output: pdf_document 지정하는 것을 잊으면 안된다. “CLI vs GUI 내전” 보고서를 작성하는데 사용된 YAML 헤더는 다음과 같다.

---
title: "CLI vs GUI 내전"
date: "2018년 12월"
author: "이정훈, CLI 종족 지도자"
output: 
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
mainfont: NanumGothic
bibliography: data_science.bib
csl: acm-siggraph.csl
---

3 .Rmd 저작 파일

참고문헌이 자동 반영되도록 저작한 data_science.Rmd 파일 원문은 다음과 같다. YAML 헤더에 관련된 설정을 모두 하고, 마크다운 문법에 맞춰 보고서를 작성한다. 사실 논문이라기 보다는 보고서에 가까운 형식이다.

# ---
# title: "CLI vs GUI 내전"
# date: "2018년 12월"
# author: "이정훈, CLI 종족 지도자"
# output: 
#   pdf_document:
#     latex_engine: xelatex
# mainfont: NanumGothic
# bibliography: data_science.bib
# csl: acm-siggraph.csl
# ---
# 
# ```{r setup, include=FALSE}
# knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
# ```
# 
# 
# # 초록
# 
# GUI 종족과 CLI 종족간의 전쟁은 끝이 보이지 않고 있다.
# 두 종족간의 전쟁은 윈도우의 출현으로 GUI 종족의 일방적인 승리로 끝날 것으로 보였지만, 클라우드 시대의 출현으로 다시 CLI 종족이 주도권을 잡아가고 있는 모양이 되었다.
# CLI 종족은 과거 소수였지만, 소프트웨어 카펜트리[@DBLP:journals/corr/SimperlerW15]를 내세워서 GUI 종족을 흡수하면서 세력을 급격히 확장시키고 있다.
# 
# 두 종족간의 전쟁은 어떻게 전개될까? 과연 과학 컴퓨팅[@10.1371/journal.pbio.1001745]는 도움이 될까?
# 
# ## 종족전쟁 도해
# 
# \begin{figure} [!htb]
# \centerline{\includegraphics[width=0.2\textwidth]{fig/gui-vs-cli.jpg}}
# \caption{GUI vs. CLI}
# \end{figure}
# 
# ## 수식
# 
# $$\text{생산성} = \frac{\text{CLI}^2}{\text{GUI}}$$
# 
# ## 문제해결 
# 
# GUI로 해결하기 힘든 아래와 같이 `pdf` 파일 생성시 생긴 문제는 
# 구글 검색을 통해서 stackoverflow [Pandoc and foreign characters](https://stackoverflow.com/questions/18178084/pandoc-and-foreign-characters)에서
# 해법을 찾아 `--latex-engine=xelatex -V CJKmainfont=NanumGothic`와 같이 글꼴까지 반영시킨다.
# 
# ```
# ! Package inputenc Error: Unicode character 내 (U+B0B4)
# (inputenc)                not set up for use with LaTeX.
# ```
# 
# ## 첨부: `pandoc` 컴파일 코드
# 
# ```{r pandoc-code, eval=FALSE}
# pandoc --filter pandoc-citeproc 
#        --bibliography=data_science.bib 
#        --variable classoption=twocolumn 
#        --variable papersize=a4paper 
#        --latex-engine=xelatex 
#        -V CJKmainfont=NanumGothic 
#        -s data_science.md -o data_science.pdf
# ```
# 
# # 참고문헌

4 보고서 PDF 제품

.Rmd파일에 관련된 내용을 정성스럽게 준비해서 RStudio IDE에서 R마크다운 파일을 뜨게질(knit)하게 되면 PDF 파일이 바로 생성된다. 물론 워드, HTML 파일 등등 다양한 형태 문서로 자동 제작이 가능하다.