명령-라인 프로그램 (Command-Line Programs)

IPython Notebook과 다른 인터랙티브 도구는 데이터를 탐색하고 프로토타입 코드를 작성하는데는 훌륭하지만 조만간 파이프라인에서 프로그램을 사용하거나 수천개의 파일을 처리하는데 쉘 스크립트를 실행할 것이다. 이를 위해서 작성한 프로그램이 다른 유닉스 명령-라인 도구와 함께 동작하도록 만들 필요가 있다. 예를 들어, 데이터 셋을 읽고 환자당 평균 염증값을 출력하는 프로그램을 만들고 싶다.

$ python readings.py --mean inflammation-01.csv
5.45
5.425
6.1
...
6.4
7.05
5.9

하지만, 첫 4번째 라인의 최소값을 보고자 할지 모른다.

$ head -4 inflammation-01.csv | python readings.py --min

혹은 여러개 파일을 순서대로 하나씩 최대 염증값을 보고자 할지 모른다.

$ python readings.py --max inflammation-*.csv

전반적인 요구사항은 다음과 같다.

1. 만약 파일 이름이 명령 라인에 주어지지 않는다면, 표준 입력(standard input)에서 데이터를 읽는다.
2. 만약 하나 혹은 그 이상의 파일이름이 주어진다면, 데이터를 파일이름에서 읽고 각 파일에 대해서 별도로 통계자료를 보고한다.
3. 무슨 통계치를 출력할 것인지 결정하기 위해서 --min, --mean, --max 옵션 플래그를 사용한다.

상기 요구사항을 만족하는 프로그램을 작성하기 위해서, 프로그램에서 어떻게 명령-라인 인자를 다루는지 그리고 어떻게 표준 입력을 받는지 파악할 필요가 있다. 이러한 질문을 다음에서 순차적으로 다룬다.

명령-라인 인자 (Command-Line Arguments)

여러분이 선택한 텍스트 편집기를 사용하여, 텍스트 파일에 다음을 저장하세요.

!cat sys-version.py

import sys
print 'version is', sys.version

첫번째 행은 “system”을 간략하게 줄인 sys라는 라이브러리를 가져온다. 가져온 라이브러리는 sys.version 같은 값을 정의하는데 Pythong 버젼이 무엇인지 기술한다. IPython Notebook 내부에서 다음과 같이 스크립트를 실행할 수 있다.

%run sys-version.py

version is 2.7.5 |Anaconda 1.8.0 (x86_64)| (default, Oct 24 2013, 07:02:20) 
[GCC 4.0.1 (Apple Inc. build 5493)]

혹은 다음과 같이도 가능하다.

!ipython sys-version.py

version is 2.7.5 |Anaconda 1.8.0 (x86_64)| (default, Oct 24 2013, 07:02:20) 
[GCC 4.0.1 (Apple Inc. build 5493)]

첫번째 방법(%run)은 .py 파일에 담긴 프로그램을 실행하는데 IPython Notebook에 있는 특수 명령어를 사용한다. 두번째 방법이 좀더 일반적이다. 느낌표(!)가 Notebook에 쉘 명령어를 실행한다고 지시한다. 그래서 실행하는 명령어는 스크립트 이름과 ipython이 된다.

좀더 흥미로운 것을 수행하는 또다른 스크립트가 다음에 있다.

!cat argv-list.py

import sys
print 'sys.argv is', sys.argv

이상한 이름 argv는 “argument values”(인자값)을 줄여 표현한 것이다. 파이썬이 프로그램을 실행할 때마다, 명령 라인에 주어진 모든 값을 받아서 sys.argv 리스트에 넣는다. 그렇게 해서 프로그램이 인자값이 무엇인지를 판단할 수 있다. 만약 어떤 인자도 없이 프로그램을 실행한다면,

!ipython argv-list.py

sys.argv is ['/Users/gwilson/s/bc/python/novice/argv-list.py']

리스트의 유일한 것은 스트립트의 전체 경로정보가 되고 항상 sys.argv[0]을 차지한다. 하지만, 만약 몇개의 인자를 넣어 실행한다면,

!ipython argv-list.py first second third

sys.argv is ['/Users/gwilson/s/bc/python/novice/argv-list.py', 'first', 'second', 'third']

그러면 파이썬은 각각의 인자를 마술같은 리스트에 추가한다.

지금까지 학습한 것을 가지고, 단독 데이터 파일에 환자 마다 평균값을 출력하는 readings.py를 작성해 보자. 첫번째 단계는 구현에 대한 윤곽을 잡는 함수와 실제 동작하는 함수에 대한 자리를 잡는 코드를 작성한다. 함수 이름을 원하는 무엇이든지 정할 수 있지만, 관례로 함수는 통상 main으로 부른다.

!cat readings-01.py

import sys
import numpy as np

def main():
    script = sys.argv[0]
    filename = sys.argv[1]
    data = np.loadtxt(filename, delimiter=',')
    for m in data.mean(axis=1):
        print m

이 함수는 스크립트 이름을 sys.argv[0]에서 얻는데 이유는 그곳이 항상 이름이 놓여지는 장소이기 때문이다. 처리할 파일 이름은 sys.argv[1]에서 얻는다. 다음에 간단한 테스트가 있다.

%run readings-01.py inflammation-01.csv

어떠한 출력도 없는데 이유는 함수를 정의했지만, 실질적으로 호출을 하지 않았기 때문이다. main에 호출을 추가하자.

!cat readings-02.py

import sys
import numpy as np

def main():
    script = sys.argv[0]
    filename = sys.argv[1]
    data = np.loadtxt(filename, delimiter=',')
    for m in data.mean(axis=1):
        print m

main()

그리고 실행하자.

%run readings-02.py inflammation-01.csv

5.45
5.425
6.1
5.9
5.55
6.225
5.975
6.65
6.625
6.525
6.775
5.8
6.225
5.75
5.225
6.3
6.55
5.7
5.85
6.55
5.775
5.825
6.175
6.1
5.8
6.425
6.05
6.025
6.175
6.55
6.175
6.35
6.725
6.125
7.075
5.725
5.925
6.15
6.075
5.75
5.975
5.725
6.3
5.9
6.75
5.925
7.225
6.15
5.95
6.275
5.7
6.1
6.825
5.975
6.725
5.7
6.25
6.4
7.05
5.9

올바른 방법

만약 작성중인 프로그램이 복잡한 매개변수나 복수의 파일이름을 가진다면, sys.argv를 직접적으로 다루지 말아야 한다. 대신에 파이썬 argparse 라이브러리를 사용한다. argparse 라이브러리는 체계적으로 일반적인 경우를 처리하고, 또한 사용자를 위해서 프로그래머가 실용적인 오류 메시지를 제공하기 쉽게 만들었다.

다수 파일 처리하기

다음 단계는 프로그램에게 파일 다수를 어떻게 처리하는지 가르치는 것이다. 파일당 60줄의 출력결과는 페이지를 넘기며 살펴보기에는 많은 불량이여서 3개의 작은 파일로 시작한다. 작은 파일 각각은 두 환자에 대한 3일치 데이터가 있다

!ls small-*.csv

small-01.csv small-02.csv small-03.csv

!cat small-01.csv

0,0,1
0,1,2

%run readings-02.py small-01.csv

0.333333333333
1.0

작은 파일을 입력값으로 사용하는 것은 좀더 쉽게 결과를 확인할 수 있게 한다. 예를 들어, 프로그램이 각 행마다 올바르게 평균을 계산하는지 살펴볼 수 있다. 반면에 전에는 정말 믿음으로만 가지고 있었다. 이것은 또 다른 프로그래밍 규칙이다. “간단한 것을 먼저 시험하라(test the simple things first)”

작성한 프로그램이 각각의 파일을 개별로 처리하길 원해서 각 파일 이름마다 한번씩 실행되는 루프가 필요하다. 명령 라인에 파일 이름을 지정한다면, 파일 이름은 sys.argv에 저장되지만, 주의가 필요하다. sys.argv[0]는 항상 파일이름이 아니고 스크립트 이름이다. 작성한 프로그램이 임의 갯수의 파일에 대해서 실행될 수 있기 때문에 알수 없는 갯수의 파일이름을 처리할 필요가 있다.

해결책은 sys.argv[1:] 내용에 루프를 돌리는 것이다. ’1’은 파이썬이 1번 위치에서 슬라이스를 시작해서 프로그램 이름이 포함되지 않도록 한다. 상한을 비워두었기 때문에 스라이스 인덱스가 리스트의 끝까지 가서 모든 파일 이름이 포함된다. 다음에 수정된 프로그램이 있다.

!cat readings-03.py

import sys
import numpy as np

def main():
    script = sys.argv[0]
    for filename in sys.argv[1:]:
        data = np.loadtxt(filename, delimiter=',')
        for m in data.mean(axis=1):
            print m

main()

그리고 실행 결과가 다음에 있다.

%run readings-03.py small-01.csv small-02.csv

0.333333333333
1.0
13.6666666667
11.0

Note: 이 지점에서, 스크립트 버젼 3개(readings-01.py, readings-02.py, readings-03.py)를 생성했다. 실무에서는 이렇게 하지는 않을 것이다. 대신에 readings.R 파일만 보관하고 기능향상 작업을 할 때마다 버젼 관리 시스템에 커밋한다. 하지만, 교육 목적으로 나란히 연속된 버젼이

명령어-라인 플래그(Command-Line Flags) 처리하기

다음 단계는 프로그램이 --min, --mean, --max 옵션 플래그에 관심을 두게 한다. 플래그는 항상 파일 이름 앞에 위치해서 다음과 같이 수행할 수 있다.

!cat readings-04.py

import sys
import numpy as np

def main():
    script = sys.argv[0]
    action = sys.argv[1]
    filenames = sys.argv[2:]

    for f in filenames:
        data = np.loadtxt(f, delimiter=',')

        if action == '--min':
            values = data.min(axis=1)
        elif action == '--mean':
            values = data.mean(axis=1)
        elif action == '--max':
            values = data.max(axis=1)

        for m in values:
            print m

main()

작성한 것이 잘 동작한다.

%run readings-04.py --max small-01.csv

1.0
2.0

하지만, 몇가지 잘못된 것이 있다.

1. main 함수가 너무 커서 편안하게 읽기가 쉽지 않다.

2. action 인자가 인정된 3개의 플래그 중에 하나가 아니라면, 프로그램을 각각의 파일 로딩(loading)하지만 아무것도 수행하기 않는다. 왜냐하면, 조건을 매칭하는 곳에서 어느 분기에도 해당되지 않기 때문이다. 이와 같이 침묵하는 실패(Silent failures)가 항상 디버그하기가 어렵다.

새로 작성한 버젼은 각 파일의 처리를 루프에서 빼내서 처리하는 자신만의 함수를 만들었다. 처리를 수행하기 전에 action이 사전에 정의된 플래그중의 하나인지를 검사해서 프로그램이 빨리 종료한다.

!cat readings-05.py

import sys
import numpy as np

def main():
    script = sys.argv[0]
    action = sys.argv[1]
    filenames = sys.argv[2:]
    assert action in ['--min', '--mean', '--max'], \
           'Action is not one of --min, --mean, or --max: ' + action
    for f in filenames:
        process(f, action)

def process(filename, action):
    data = np.loadtxt(filename, delimiter=',')

    if action == '--min':
        values = data.min(axis=1)
    elif action == '--mean':
        values = data.mean(axis=1)
    elif action == '--max':
        values = data.max(axis=1)

    for m in values:
        print m

main()

상기 프로그램은 앞서 작성한 프로그램보다 더 길다. 하지만, 좀더 완전히 이해하기 쉬운 8줄과 12줄 프로그램 덩어리로 쪼갰다.

파이썬은 argparse 라이브러리가 있어서 복잡한 명령어-라인 플래그를 처리하는데 도움이 된다. 이번 학습에서는 argparse 라이브러리를 다루지 않을 것이다. 하지만, 좀더 자세한 사항은 파이썬 공식 문서의 일부인 Tshepang Lekhonkhobe 의 Argparse tutorial을 참고바란다.

표준 입력 (Standard Input) 처리하기

프로그램이 다음으로 할 작업은 파일 이름이 주어지지 않았다면 표준 입력에서 데이터를 읽는 것이다. 파일이름을 파이프라인에 넣고 입력값으로 되돌려 사용하는 것이 예이다. 또 다른 스크립트를 작성해서 실험을 해보자.

!cat count-stdin.py

import sys

count = 0
for line in sys.stdin:
    count += 1

print count, 'lines in standard input'

상기 작은 프로그램은 자동으로 프로그램의 표준 입력에 연결되는 sys.stdin으로 불리는 특수 “파일”에서 라인(행)을 읽어들인다. 파일을 별도로 열 필요는 없다. 즉, 프로그램이 시작할 때 파이썬과 운영시스템이 처리해준다. 하지만 정규 파일에서 할 수 있었던 거의 모든 것을 할 수 있게 한다. 마치 정규 명령어-라인 프로그램인 것처럼 유닉스 쉘에서 실행을 시도해 보자.

!ipython count-stdin.py < small-01.csv

2 lines in standard input

%run을 사용해서 실행하면 어떨까요?

%run count-stdin.py < small-01.csv

0 lines in standard input

결과에서 알 수 있듯이, %run 명령어는 파일 되돌리기(redirection)을 이해하지 못한다. 단지 쉘의 무엇으로 이해한다.

흔한 실수는 다음과 같이 표준입력에서 읽어서 무언가 실행하려고 하는 것이다.

!ipython count_stdin.py small-01.csv

즉, 표준입력에서 파일로 되돌리는 문자(<)를 생략한 것이다. 이 경우에 표준 입력에는 아무 것도 없어서 프로그램은 누군가 키보드로 무엇인가를 입력하기를 루프 시작에서 기다리기만 한다. 사람이 할 수 있는 것이 아무것도 없기 때문에 작성한 프로그램은 수렁에 빠진 듯 동작할 수 없게 된다. 노트북 Kernel 메뉴에서 Interrupt 옵션을 사용해서 정지시켜야 한다.

프로그램을 다시 작성해서 만약 어떤 파일이름도 제공된게 없다면 sys.stdin에서 데이터를 로딩한다. 운좋게도, numpy.loadtxt는 파일이름 혹은 첫번째 매개변수로 열린 파일을 처리할 수 있다. 그래서 실질적으로 process를 변경할 필요는 없다. main을 약간 수정한다.

def main():
    script = sys.argv[0]
    action = sys.argv[1]
    filenames = sys.argv[2:]
    assert action in ['--min', '--mean', '--max'], \
           'Action is not one of --min, --mean, or --max: ' + action
    if len(filenames) == 0:
        process(sys.stdin, action)
    else:
        for f in filenames:
            process(f, action)

작성한 프로그램을 시도해 보자. (잠시 후에 왜 head로 출력결과를 보냈는지 파악하게 된다.)

!ipython readings-06.py --mean < small-01.csv | head -10

[TerminalIPythonApp] CRITICAL | Bad config encountered during initialization:
[TerminalIPythonApp] CRITICAL | Unrecognized flag: '--mean'
=========
 IPython
=========

Tools for Interactive Computing in Python
=========================================

    A Python shell with automatic history (input and output), dynamic object
    introspection, easier configuration, command completion, access to the
    system shell and more.  IPython can also be embedded in running programs.

이럴 수가 있나: 데이터의 행별로 평균값 대신에 IPython 도움말이 왜 나왔을까? IPython이 실행하는 프로그램에 대한 것과 명령-라인 인자에 대한 것을 분간이 어렵다. 의미를 명확히 하기 위하고 둘을 구분하기 위해서 --(이중 대휘)를 사용한다.

!ipython readings-06.py -- --mean < small-01.csv

0.333333333333
1.0

더 나아졌다. 이제 완료했다. 프로그램이 처음 기획했던 모든 것을 수행한다.