R 프로그래밍

knitr와 함께하는 동적 보고서 작성

knitr은 R 팩키지로, 작성한 기록, 코드, 산출결과물을 단일 문서에 정리할 수 있도록 한다. knitr는 “문학적 프로그래밍(literate programming)”¹에 대한 훌륭한 도구다 - 사람뿐만 아니라 컴퓨터도 여러분이 작성한 코드를 읽을 수 있어야 하나는 철학이다! 또한, 글쓰기와 컴퓨터 결과를 함께 유지 보관할 수 있다. 그래서, 새로운 데이터가 수집되거나 데이터 정제 작업을 바꾸면, 문서만 다시 재컴파일하면, 모든 것이 최근 상태로 유지된다!

knitr 문서를 마크다운(직관적인 표기법을 사용해서 텍스트 서식을 표현할 수 있게 함)으로 불리는 간단한 일반 텍스트 형식으로 작성한다. 그래서, 작성하고 있는 콘텐츠에 집중할 수 있게 된다. 하지만, 그럼에도 불구하고 멋진 서식을 갖춘 문서를 얻게 된다. 사실, 일반 텍스트(그리고, R코드, 산출결과를 함께)를 HTML로 변환한다. LaTeX 과 Pandoc이 컴퓨터에 설치되어 있다면, .pdf 혹은 워드 .docx도 가능하다.

시작하려면, knitr 팩키지를 설치한다.

install.packages("knitr")

File → New File 메뉴를 선택하면, “R Markdown…”에 대한 선택옵션이 나온다. 선택하고 기본디폴트 선택옵션을 대화상자에서 이어 선택한다(하지만, 이런 방식으로 발표 슬라이드도 선택할 수 있다). 파일을 저장하고, 스크립트 상단에 “Knit HTML” 버튼을 클릭한다. 산출 결과를 소스 텍스트 파일과 비교한다.

마크다운은 LaTeX 수식편집 기능도 지원한다. 멋진 수식을 $ 기호 사이에 수식을 넣어서 표현할 수 있다. 예를 들어, $\alpha = \dfrac{1}{(1 - \beta)^2}$ 코딩하면 결과 다음과 같이 표현된다: \(\alpha = \dfrac{1}{(1 - \beta)^2}\).

소스 파일(.Rmd) 상단에 헤더 정보가 YAML 형식(--- 대쉬 세개로 위와 아래 감쌈)으로 저장되어 있다. 일부는 출력 헤더에 표현되고, 일부는 변환엔진(LaTeX, Pandoc 등)에 서식정보를 제공한다.

R 코드와 일반 텍스트를 구분하는데, RMarkdown은 “코드 덩어리”를 구분하는데, 틱 3개 ``` 다음에 {r}을 연결해 사용한다. RStudio에서 “코드덩어리”를 생성하는 키보드 단축키는 command + option + i 혹은 control + alt +i 다.

코드 덩어리는 코드를 실행하고 출력 문서에 결과를 뿌려준다. 하지만, 코드를 `r code-here` 처럼 감싸서 텍스트 블록 내부에 코드 실행 결과를 출력할 수도 있다.